Parce que la voyelle étymologique (celle du mot latin d'origine) s'est conservée dans l'orthographe. Ainsi, "vent" venant du latin "ventus" (prononcé [wentus]), s'orthographie {en} alors que "an" vient de "annus".

Cela me fait penser à la phrase "les poules couvent souvent au couvent" dans Amélie Poulain.

La prononciation n'était pas distincte à l'origine en latin, cher oiseau parlant également les langues mortes?

Ils semblent avoir oublier "ANS" où le S n'est pas prononcé comme dans DEDANS par exemple

Je ne suis pas linguiste et suis une piètre latiniste!!
Par contre, je fais de l'Ancien français et... j'ai des livres...!!

mais de la prononciation de quoi veux-tu parler? Le "en" et "an"? En latin, on ne nasalisait pas et on disait (si j'ai compris ta question, ce qui n'est pas bien sûr...) "éne" pour "en" et "ane" pour "an". Tu peux aller voir la page "voyelle nasale", elle est pas mal foutue (et c'est pas donné à tout le monde).

Et par ailleurs "couvent" viendrait de l'Ancien français "convent" ou "covent" qui signifie "convention ,accord, marché" mais aussi "accord, promesse"
et qui viendrait du latin "conventum", assemblée, réunion.

Donc on retrouve la voyelle étymologique "e".